По характеру звук стук,грём или шелест? Можно скинуть клапанную крышку,глянуть тепловой зазор клапанов,состояние цепи,натяжителя и успокоителя!
Скорее всего я бы сказал, что грём. Уже скидывал даже клапана настраивал цепь вроде нормальная.
То есть с приводом ГРМ и с самим клапанным механизмом и фазами все нормально? Если Вы регулировали клапана,снимали крышку со стороны генератора.Магнето не откручено? Датчик хола не откручен? Тогда снемите крышку вариатора.Ну сцепление отбросим потому как оно в районе заднего колеса,а звук из двигателя.Если с вариатором все в порядке,придется посмотреть обгонную муфту. Вы упомянули что мопед плохо заводится,как это выражается? Долго крутит стартер,тяжело крутит стартер,посторонние звуки при запуске?
Если раньше достаточно было зажать тормоз и нажать электро стартер, то теперь надо дать газу чтобы завести скутер.