С плюса аккумулятора отходит два провода,один на сигналку ,другой на всё остальное(как я понял когда вскрывал пару раз).Я еще не разбирался поэтому лишь предположения ,но проверь тот провод что на само электрооборудование скутера идет.На нем предохранитель стоит в пластиковом корпусе,его прозвони в первую очередь.Дальше проверь плюсы на всез разьемах под пластиком.Плюсовые провода на разьемах- красные.Из твоих слов ощущение что провод на сигналку цел остался, а второй или порван или предохранитель выгорел.Скут из за этого, следовательно, с сигналки заводится работает от генератора и глохнет с сигналки.Если предохранитель сработал,его поменять,предварительно необходимо откинуть провода от аккумулятора.Затем прозвонить между "+" и "-" (проверить сопротивление),при выключенном оборудовании оно должно стремится к бесконечности.
В любом случае начни с предохранителя и разьемов.Разьемы должны быть защелкнуты на свои замки до упора в друг друга.Завтра в элекросхему гляну, а ты пиши каковы результаты.