Когда поршень в ВМТ распредвал должен лежать кулачками вниз.
Не видя все своими глазами, говорить трудно. Смущает разница в высоте и естественно возникает вопрос - не касались ли клапана поршня? Если да, то всё получает объяснение - и цокот, и ушедший зазор... Там клапан часом не погнуло?
Что касается цокота. Раз поменял поршневую, покупал естественно новую, после установки цокот! В конечном итоге оказался прослаблен поршень, он в цилиндре и цокотел. Поставил старый и всё прошло!