Два варианта - либо колесо чуть сместилось относительно суппорта, либо наоборот, скорее всего второе. Посмотри с какой стороны затирает колодка, может быть в процессе разборки/сборки под нее что-то попало, или чётко на место не села...
Ты не уточнил - на месте или на ходу! На ходу проблем быть не должно, на месте чаще всего для нормального переключения передач нужно катнуть мопед вперед-назад. И не забывай, что сейчас ещё период обкатки, после нее передачи возможно будут переключатся легче.