Причин может быть несколько. Во первых, не смотря на то, что движок новый, нужно проверить и выставить зазоры клапанов.
Второе - это может быть из за неплотности соединения ГБЦ-выхлопная труба.
На счёт коммутатора сомневаюсь, это вообще вещь в себе и то, что новый коммутатор не сходится по фишкам, может говорить о том, что это не то, что тебе нужно. Я когда покупал коммутатор про запас , пробовал их методом тыка, не смотря на внешнюю идеинтичность, мот завёлся только на четвёртом коммутаторе!
И в правильной настройке карба я тоже сомневаюсь.